La presenza dei francescani a Lucca è attestata già nel 1228, e il nuovo ordine assunse subito un ruolo preminente nella vita cittadina. La chiesa, costruita in laterizio a aula unica con copertura a capriate, venne completata agli inizi del Quattrocento con l'inserimento di tre cappelle presbiteriali. Per la facciata, che mostra ai lati del portale due arche sepolcrali, fu adottato un rivestimento in calcare bianco, rimasto incompiuto e portato a termine solo nel XX secolo. La cura per l'arredo procedette parallelamente alla costruzione del complesso, e prosegurà dal Trecento al Seicento. L'indemaniamento dell'Ottocento sconvolse l'aspetto della chiesa e parte dei suoi dipinti furono destinati alle costituende strutture museali lucchesi.