La chiesa di San Michele in Cipriano fu costruita nel 720 nel "borghicciolo", naturale continuazione del borgo di San Gervasio.
L'attuale Chiesa fu ricostruita nel 1195 per il cattivo stato delle sue condizioni e per un crollo avvenuto nel XII sec., riutilizzando fasce ornamentali e pilastrini di possibile provenienza dalla Chiesa più antica. Dal 1260 è denominata "Ecclesia S. Michaelis de Borghiciolo".
Nel 1433 il Priore di San Bartolomeo in Silice donò a Suor Marchesana di Pagano Portici, Madre Superiora delle suore del Terz'ordine, la Chiesa di San Michele, una casa ad essa contigua, un orto ed altri beni appartenenti alla Chiesa.
Nel 1460 la Chiesa fu consacrata ed il Monastero vide accrescere il numero delle religiose che si sottoposero alla regola di Santa Chiara.
Dagli inizi del 1500 agli ultimi anni del 1700 furono eseguiti lavori di varia entità, consistenti in opere di muratura, restauro e decorazione che interessarono sia la Chiesa che il Monastero.
Nel 1806, in base al decreto del Governo Baciocchi che prevedeva la soppressione e l'incameramento dei beni delle comunità religiose del Principato lucchese, il Monastero di San Micheletto venne rilevato e destinato ad uso di scuderie per la residenza dei principi a Villa Buonvisi.
Nel 1827, con il reinsediamento delle clarisse, avvenne il passaggio dalla proprietà privata alla comunità delle monache che chiesero la chiusura del vicolo tra i monasteri di San Micheletto e della Visitazione con la realizzazione del muro che separa entrambi i complessi dalla Piazza Pubblica e consente l'esclusivo uso della proprietà comune ai due monasteri.
Nel 1857 furono avviati i lavori di restauro della Chiesa.
Con l'Unità d'Italia si profila nuovamente la minaccia di una soppressione degli ordini religiosi.
Nel 1896 la Giunta Comunale chiede ed ottiene la chiusura del Monastero consentendone ancora l'uso di una parte alle monache.
Nel 1901 il Comune di Lucca lo riconsegna alle religiose; in seguito, nel timore di nuove oppressioni, la comunità religiosa cede la proprietà del Monastero all'Opera Pia di Terrasanta.
Nel 1945 il Monastero, ormai abitato da un numero esiguo di monache, dà inizio ad una serie di contratti di locazione, con istituti scolastici, della maggior parte dei locali compresi nell'ala nord del complesso.
Con l'abbandono del complesso da parte delle monache, nel 1972 San Micheletto diventa proprietà della Cassa di Risparmio di Lucca.
Il complesso ospita la Fondazione Ragghianti.